As empresas selecionadas deverão se associar com a aceleradora, conforme  negociação conduzida diretamente entre as partes, dentro dos limites de investimento e participação acionária propostos pela aceleradora e publicados no site do programa Start-Up Brasil. Uma vez associada, a startup participará do programa de aceleração da respectiva aceleradora, que pode durar entre 3 e 12 meses e deverá ceder à aceleradora um percentual de participação acionária como contrapartida. O modelo jurídico de associação varia de acordo com a  aceleradora, mas, em geral, as aceleradoras tornam-se sócias da empresa. Durante o processo de aceleração, as startups ficam fisicamente dentro da infraestrutura da aceleradora e usufruem de uma série de serviços, como espaço físico de trabalho, assessoria jurídica, capacitação, mentoring.The selected companies will negotiate directly with the accelerators, within the limits of investment and share ownership proposed by the accelerator and published on the Start-up Brazil program website. Once associated, the startup will participate in the respective accelerator program, which can last between 3 and 12 months and must yield to the accelerator a percentage of ownership in return. The legal association model may vary according to each accelerator.